Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi'nde "Başhekim" görevine gelmesi kariyer basamaklarını hızla çıkmasının başlangıcı oldu. Prof. Dr. Cemi Demiroğlu İstanbul Üniversitesi Rektörü iken Ahmet Çetinsaya, Cerrahpaşa Hastanesi Başhekimliğini üstlendi. 28 yaşındaydı ve Türkiye'nin en genç başhekimi idi. Üstelik bu görevi yaptığı yer ülkenin en köklü kurumlarından biriydi.

Sağlık Bakanı Halil Şıvgın' dı. 'Haseki de yapılacak çok iş var, bu görevi sana verelim' diyecek ve kendisi de kabul ederek, Haseki Eğitim ve Araştırma Hastanesi Başhekimi olacaktı. 

Ertelenmiş sorunlar, çözüm bekleyen bozulmuş sistem ve yapılarla 4 sene boğuşarak çevre ve çehresini yenileyecek, on ayda hastane gelirlerini 10 kat arttırarak bozulmuş hastane yapısını düzeltecek, Haseki Hastanesinin kaybettiği prestijini geri kazandıracaktı.

Cerrahpaşa ve Haseki Başhekimlikleri görevlerinde ki başarılı çalışmaları sırasında kazandığı yönetim ve çözümleme anlayışını, Eminönü Belediye Başkanı olarak kullanma dönemine giren Doç. Dr. Ahmet ÇETİNSAYA, İstanbul'un en borçlu ve en sorunlu belediyesinde zorlu bir görevi daha üstlendiğinin farkındaydı. Ortada tükenmiş bir kurum vardı.

Siyasete adımını attığı kapı; sonradan görecekti ki kavgalar, haksız suçlamalar ve amansız saldırılarla geçireceği en zorlu yıllar olacaktı.